#!/bin/sh

cd /home/*****/
tar cvf /home/*****/backup/`date +%Y%m%d`.tar ./public_html/
gzip /home/*****/backup/`date +%Y%m%d`.tar

最低限public_html以下を指定しておけばサブドメインや追加したドメイン配下のファイルもバックアップできる。

あとはcronを使用して定期的にバックアップしておけばOK。

この例では上記コードをmybackup.shという名前で保存しpublic_htmlより１つ上のディレクトリ（アクセス不可な領域）に配置しパーミッションを７００に変更。
それを毎日４時（上記画像は海外鯖のもので時差が１６時間あるため正午の設定にしている）に実行。

[問題点]同一サーバへのバックアップなのでサーバ障害が起きた場合は救いようがない。
やはり他サーバもしくはローカルディスクへの転送が確実かもしれない。